6月16日，香港科技大学3名教授离开南科大团队，并发布联名公开信《要改革不要口号》，直指南科大现存的多种问题。6月22日，南科大学生家长发表公开信支持南科大和朱清时，称港科大3名教授无视南科大的努力。朱清时表示，现在南科大正处于最困难时期，家长们能站出来写公开信，与南科大同甘共苦，他很受鼓舞。对于港科大3名教授的质疑和批评，朱校长也一一作出了回应。(据《新京报》)
作为一名65岁的长者，朱清时校长一向给人温文尔雅的印象，但是这一次，他对港科大3名教授的激烈“反击”让人有些意外，比如透露他们离开其实与报酬有关，批评他们的做法不厚道，与45名学生相比，“某些老师应该汗颜”，等等——这几乎是与旧日合作伙伴撕破脸皮了。朱校长的激烈反应，印证着南科大“内忧外患”之严重。南科大教改何去何从?大家都在这样问。
港科大3名教授对南科大教改提出的批评意见，单纯地看有其道理，比如“自主招生、自授文凭”绝不是高教改革的核心，不应该鼓动学生拒绝参加高考，“高校去行政化”不能沦为哗众取宠的口号。但是，若把这些批评置于现实国情下考量，不得不说，3名教授的批评就有些不切实际了。譬如，“自主招生、自授文凭”在香港已经不是高教改革的核心，但在内地，这也许就是目前的一个教改突破口，是必须迈出的第一步。
当然，与其把3名教授的批评视作苛求，不如视之为希冀。社会舆论对于南科大的种种质疑也是如此，大家都是出于好心，是希望南科大教改取得成功。只不过，我认为有一点似乎需要明确:南科大教改的意义，首先并不在于它是对的、好的或一定要取得成功，而是首先在于求变。
即便像我这样坚定支持南科大教改的人，也不能肯定南科大目前所做的一切都是正确的，但哪怕不正确，有变革也比什么都不做要好。现行高等教育体制积弊不少，急需改革。当此情况下，我们首先需要求变，不管这种变革是对是错，变总比不变好，只有通过变革，通过不断试错，我们才能找到正确的方向，而没有变革，我们永远不可能知道正确的彼岸在哪里。
南科大就像一个“摸着石头过河”的人，他可能迷失方向，甚至可能摔倒，但我们首先应该鼓励他走下去，不能因方向之争或者害怕摔倒而踯躅不前。这就是南科大教改的首要意义，除旧革新，这本身就具有了不起的意义。所以，我们应该尊重南科大的选择，支持朱清时校长的矢志不移，理解45名学生及其家长的信心和决心。他们对自己的选择负责，同时，他们的选择是在为中国高等教育改革探路。
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