1946年，钱伟长怀着出国前立下的誓言，回到了阔别六年的清华大学，担任了机械系的一名教授。同时他还在其它三所大学里兼职任教，几乎包下了这些学校物理系中所有的基础课程。
钱：一个礼拜讲十几次，谁也没上这么多，一般教授一个礼拜上六堂课，我讲17堂课。我没有怨言。我是想回家，培养更好的学生，我觉得从前的学校都不行。
但在那个时期，教师的日子十分清苦，随着两个孩子的出生，钱伟长竟不得不靠，向同事借钱度日。1948年，钱学森归国探亲，在看到了钱伟长的生活窘状后，建议他全家移居美国。
钱：他看我很可怜，说这样吧，美国喷气推进研究所，就是美国的JPL，还希望我回去。
记者：当时您想回去吗？
钱：我当然不想回去。可是那时艰苦了。那时我的工资15万金圆券，只能买两个暖瓶，叫我怎么过日子。
记者：可是在回国之前，您在美国的收入已经很不错了？
钱：很不错。那是8万美金一年。
记者：所以当时您在这样的情况下，您就选择了说我还是回去吧。
钱：要到外国大使馆，去申请注册，美国大使馆注册，好多问题，我都无所谓，你信什么教？我说我没教，他说不行啊，没教在美国人看来，你是无教之徒，是野蛮人。后来他是这样，你填孔教吧，我是孔教。到了最后一条，我填不下去了。讲中国和美国打仗的时候，你是忠于中国，还是忠于美国。那我说，我说当然忠于中国了，我是中国人，我不能忠于美国人。我就填了一个NO，我不填YES，结果就因为这个，他不让我去了。
记者：填这个NO的同时，就意味着你跟美国人讲，我不去你美国了，您心里很清楚这一点。
钱：是啊，我就不去了，我总不能忠于美国人。
记者：当时您毫不犹豫。
钱：我这一点是毫不犹豫的，我回国就是为了中国的。
1956年，钱伟长参加了我国第一次12年科学规划的制定，并与钱学森、钱三强一起，被周总理公开赞誉为“三钱”。也在这一年，他被任命为清华大学副校长，当时他不会料到，他在这个位子上的时间竟会十分的短暂。
五十年代，正是我国全面照搬苏联模式的时期，中国的高等教育，也选择了苏联式的高度集中和专才教育。1957年 1月，钱伟长发表《高等教育的培养目标》一文，反对苏联模式中不合理的部分，并且提出要理工合校、重视基础学科等意见。
钱：反对学习苏联，苏联那一套不是我们需要的一套，它对这个基础课很不重视。
记者：当时您能够，敢于明确地提出来，反对学苏联？
钱：我明确提出来了。
记者：当时苏联是老大哥。
钱：老大哥我不管，你那东西我晓得，我对苏联的文献很熟，他们的工作不好。我是很清楚的。
钱伟长的教育理念，一经提出便在清华园内引起了长达三个月的大讨论，在随后而来的反右运动中，这种讨论却以政治方式而告终，1957年6月钱伟长被停止了一切工作。
记者：不去上课对您来讲，是不是一件很痛苦的事。
钱：我当然没有办法，我是不上课，不上课他让我做，做实验室助理。
记者：做实验室助理。
钱：就是让我扫地，我扫了一年，晓得吗。
记者：当时您在这一年当中，您还是坚持您的看法。
钱：我坚持我的看法。我想总有人会理解的。
记者：可是当时把您打成右派之后，你的生活发生了很大变化。
钱：那无所谓，我被打成右派，连儿子上大学都不许，我的儿女都没有进大学。
记者：就是因为您要坚持您的这种教育上这种观点？
钱：这我坚持的，我一直坚持到现在。
文革后，邓小平复出，主抓文化教育工作，使知识和人才重新得到尊重，之后他又提出，要把四个现代化作为新时期的主要任务，于是人才培养就成为了国家建设的当务之急。就在1983年的一天，已经七十多岁的钱伟长，突然接到一纸调令，被任命为上海工业大学校长。
