长江流域的湖泊是重要的湿地资源，具有调蓄水资源、调节区域气候、维持区域生态系统平衡和繁衍生物多样性等重要功能。“随着经济社会发展，该区域的湖泊数量大量减少，湖泊面积不断变小，同时长江径流量变小和含沙量下降，也导致整个区域的调蓄能力下降。”第十三届全国政协委员、中国地质调查局副局长李朋德在提案中表示。

长江中游湖泊萎缩明显，生态负面效应日益凸显。八十年代后期，洞庭湖湖区面积约为200年前的48%，为解放初期的62%；鄱阳湖湖区面积近15年亦急剧减少30%；湖北省100亩以上的湖泊，对比2016年与1950年的统计数据，数量减少43%，湖泊面积减少了68%。湖泊面积萎缩，导致湿地退化，使湖泊的原有生态系统发生改变，生态环境遭到破坏，生态功能退化，生物多样性锐减。2020年1月《整体环境科学》发文宣布长江白鲟灭绝，早在2000年代初白鳍豚就已经灭绝。洞庭湖的中华鲟、鲥鱼、胭脂鱼等保护鱼类越来越罕见。

李鹏德指出，围湖造田是长江中游湖泊萎缩的重要因素。20世纪50年代以来，大面积围湖造田等人类活动，使长江中游湖泊数量和水域面积大幅降低，加之近年来经济建设发展使流域用水量剧增，湖泊来水量减少，入不敷出，致使一些湖泊面积缩小，有的甚至消失。洞庭湖和鄱阳湖作为长江中游仅存的两个通江湖泊，面临着水域面积萎缩、生态功能退化等严峻形势。1949~1998年鄱阳湖围垦面积达1012平方千米，湖面积由5053平方千米缩小到3210平方千米。截至2013年，洞庭湖地区围垸面积12060平方千米。对比1950年，2016年湖北省100亩以上的湖泊数量从1332个减少到755个，湖泊面积由8528平方公里减少到2706平方公里。

1998年开始实行的退耕还湖政策取得了明显效果。1998年洪水“中流量、高水位”的显著特点引起了人们关于围湖造田降低了湖泊调蓄能力的反思，1998年10月20日，国务院出台了“退田还湖”政策。5年共投入103亿元，长江中下游平垸行洪、退田还湖共恢复水面面积2900平方公里，长江中下游行洪、蓄洪能力得到提高。但是，李朋德指出，仍然存在如下问题：

一是理念不同，定位不同。政策制定理念跟不上新时期“五位一体”总体布局和“生态优先、绿色发展”的要求。现有“退田还湖”政策源于1998年长江洪水灾害，政策制定理念以长江中“防灾减灾”为主，目标使游调峰行洪，有待提升至以长江流域生态环境保护、长江经济带可持续发展为目标，贯彻习近平总书记“把修复长江生态环境摆在压倒性位置”的指示。

二是退耕还湖规模不足。已实施退耕还湖规模尚不能解决长江中游蓄洪能力不足的设定目标。调蓄容积恢复不够，尚不能满足调蓄1954年长江洪水规模。对比1954年长江有1023亿立方米的超额洪量，现有退田还湖政策增加蓄洪容积130亿立方米，仅为超额值的15%。湖泊面积萎缩趋势尚未根本性缓解，1998年洞庭湖湖面面积比1949年减少了1659平方千米，目前仅回复779平方千米。人为活动不利影响的补偿恢复程度仍存在差距。湖北省湖泊面积1950-2016年间消失5822平方公里。2016年长江中下游再次发生洪涝灾害，说明有必要继续大力度推进长江中游退耕还湖。2016年长江中下游地区梅雨期间降雨量较常年同期偏多70%以上，发生1998年以来最大洪水。导致江西、湖北、湖南3省117.7万人受灾，11.8万人紧急转移安置，12.9万人需紧急生活救助；农作物受灾面积69千公顷；直接经济损失12.9亿元。

三是流域整体性考虑不足。1998年洪水后的退田还湖工程实施，分布范围侧重长江中游四省，流域整体协调性不够；工作内容与长江上游退田还林、水土保持，长江中下游湿地生态保护、可持续发展等工作衔接不够。

2018年4月，习近平总书记在考察长江时，对洞庭湖的水安全问题、野生珍惜物种保护给予了高度重视。指出“当前和今后相当长一个时期，要把修复长江生态环境摆在压倒性位置，共抓大保护，不搞大开发”。为了保持长江流域生态环境安全，实现可持续发展，长江中游有待继续加大力度“退耕还湖”。为此，李朋德建议：

1.更新理念，统筹全流域。按照“生态优先 绿色发展”的理念，立足流域的整体性，统筹上、中、下游，协同长江流域各省及行政单位，做好顶层设计，将退耕还湖与长江流域各级政府国土空间规划、生态环境保护修复有机结合起来。

2.加大退耕还湖的规模。加大长江中游退耕还湖的规模，重点部署在湖南、湖北的江汉湖群与洞庭湖周边开展，扩大江河边滩纳入范围；统筹安排安徽、江西、江苏、浙江等省。

3.建立生态补偿机制。探索生态经济核算制度，在财政、税收、信贷等方面进行扶持。考虑设立政府主导的多种补偿机制，如公共财政政策、政府间援助基金（ODA模式），生态环境保护专项基金，定向税费减免，扶贫和发展援助政策。