“吃油”细菌并非灵丹妙药
据胡特尔介绍，在两种情形下原油会困于地下，一是细小的原油颗粒渗透进多孔的沙子，二是波浪令球块状原油沉淀，接着以沙子覆盖。微生物是否“吃”原油——原油分解的最常见方式——取决于有多少氧气可供它们从事这项工作。胡特尔说：“迄今为止，我们尚未在这些海滩深层发现任何快速的降解作用。”不过，他指出，沙子最顶层的原油已在数天内消失。
如果氧气很少，埋于地下的原油会停留数年之久，直至风暴或飓风将上面几层沙子卷走。据胡特尔介绍，以前的原油泄漏事故经验表明，埋于沙滩下面的原油不仅可能会继续向海洋渗透，而且还会渗入地下水，危害野生动植物。例如，在“埃克森·瓦尔迪兹”号油轮发生泄漏事故后，原油渗入阿拉斯加州的地下水，导致野生粉鲑幼鱼在1989年和1993年间“大量死亡”。
卡尼警告称，微生物并不是清理原油的良方。例如，“吃油”细菌无法吃掉沥青，而沥青是原油分子中最重的部分，被用于铺设路面。据卡尼介绍，沥青残骸沉入海底，可能会被另一种微生物吃掉，令原油分子变得更短，从而更具毒性。他说：“细菌将一切东西变成鱼食和二氧化碳的想法完全不靠谱。”
此外，据伍兹霍尔海洋研究所海洋化学家克里斯托弗·雷迪(Christopher Reddy)介绍，微生物会挑选最易处理的原油部分进行分解，而且它们的活动十分随意。雷迪说，依靠微生物迅速清理泄漏原油“就像是让十几岁的孩子做家务，你告诉他们在周五做家务，在最适合做家务的时候做，但他们偏偏要选在周六。一个令人沮丧的事实是，你不能对微生物和整个大自然的清理作用进行任何约束”。
泄漏原油对深海生物危害仍未知
胡特尔指出，另一个“有争议的问题”则是，沉入墨西哥湾海底的原油会对环境造成怎样的危害？在清理过程中，工作人员首次使用化学分散剂分解海面以下4000英尺至5000英尺(约合1200米至1500米)处的原油。胡特尔说，经过分散剂处理的原油颗粒可能已经沉入海底。
得克萨斯理工大学毒物学家罗恩·肯达尔(Ron Kendall)8月4日在美国国会作证时说，在寒冷、漆黑一片的海洋，原油和化学分散剂混合物可能会悬浮于海水中，对深海动物造成长期危害。肯达尔说： “我们对分散剂和原油混合物对环境的危害及其流动性知之甚少，尤其是在深海中的情况。”
南佛罗里达州海洋学家霍兰德说，有些原油颗粒非常微小，肉眼根本看不到，而其他一些则足够的大，或许会被误将原油当作美食的小鱼吞下。霍兰德说，泄漏原油对深海生态系统的冲击“尚难预料”。今年夏天，霍兰德正在一系列研究中分析泄漏原油活动对深海生物的影响，该研究将持续到今年秋天。
他说：“或许是海洋生态系统发生自下而上的崩溃，或是什么事情都不会发生。”霍兰德怀疑，“深海大部分食物链正遭到破坏。”他补充说，“我们正遭遇不同于墨西哥湾海面上2D原油泄漏的难题。突然间，你遇到了这场2D灾难，并将其变成3D灾难。”
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