日本的山中伸弥教授研制出iPS细胞的消息，让长年受伦理制约的干细胞研究界松了一口气。因为与胚胎干细胞（ES细胞）不同，培育iPS细胞并不需要破坏人体的胚胎，也就无需遭受各种严厉的批判。
不过，东京大学医学部的儿玉聪却认为目前下这种结论还为时尚早。他在日本生命伦理学会期刊上发表文章称，且不论目前还需要使用ES细胞检验iPS细胞的能力和安全性，单就从iPS细胞中提取精子或卵子、乃至使用iPS细胞来制作人体克隆胚胎等来说，人类社会现在能容忍到哪一步呢？
此外，由于培育iPS细胞相对简单，不像培育ES细胞那样需要使用人体胚胎，因而监视起来非常困难，这项技术被使用于非伦理性研究的风险也就相应增大了。因此，儿玉聪建议提前做好“生命伦理评估”，这样才能让干细胞研究真正造福人类。
人们对于利用干细胞治愈疾病充满期待，日本的一些诊所也打出了干细胞治疗的旗号。由于日本对于使用干细胞的管制比较宽松，因此韩国等地的患者都前往日本接受干细胞治疗。不少国家的干细胞治疗界已开始把日本看成是逃避管制的避风港。
国际干细胞学会（ISSCR）对于刚刚处于试验阶段干细胞治疗在安全性和效果尚未得到确认的情况下就被广泛实施感到担心，而一位韩国患者在日本京都的一家诊所接受了干细胞注入之后停止了呼吸。
日本再生医疗学会的理事长、东京女子医科大学教授冈野光夫在东京专门召开记者会，呼吁医患双方都要谨慎对待干细胞治疗。冈野教授说，尽管日本的医师法允许医生不采取相关手续就进行干细胞治疗，但这并不代表医生什么都可以做。
冈野教授说，京都那家诊所声称可以从脂肪细胞中提取干细胞来治疗糖尿病或脊髓损伤，但这在动物实验中尚未得到证明。
冈野教授指出，日本政府制定了一部《关于使用人体干细胞进行临床研究的指针》，这就相当于干细胞研究领域的宪法。该指针明确规定“人体干细胞临床研究仅限于在通过适当的实验得到的科学性见解的基础上，可以预测到有效性和安全性的研究”；“用于临床研究的人体干细胞，其品质、有效性和安全性必须得到确认”；“在实施人体干细胞临床研究时必须确保被试验者和干细胞提供者都得到充分的说明并表示同意”。此外，指针还规定使用干细胞进行临床研究不仅要得到所属机构伦理委员会的承认，还要向厚生劳动省（类似于我国的卫生部）提交实施计划书并接受审查。只是指针没有提到违反这一规定之后将受到怎样的惩罚。
如今，京都那家诊所已经关闭了。但日本科学家的担心并未完全消除，因为政府仍未针对干细胞治疗制定有强制力的新规定。干细胞研究是否会引发生命伦理上的问题，尚未成熟的干细胞治疗是否会继续夺走患者的生命？日本国内对于干细胞的争论还远未结束。
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