公告指出，检查结果表明，随着部门预算改革的不断推进，中央行政事业单位不断加强预算资产财务管理，健全规章制度，细化预算编制，规范预算财务行为，逐年消化结余资金，预算资产财务管理逐步规范。
公告称，检查也发现，被查单位预算资产财务管理依然存在一些问题：一是会计机构不健全，会计人员配备不足，个别单位会计基础工作薄弱；二是预算编制和执行不够规范；三是一些单位资产管理基础薄弱，固定资产核算不实等问题较为突出；四是部分事项的会计核算不实；五是在执行税收、津贴补贴、非税收入等国家政策过程中还有不够规范的方面和环节。总体看，行政单位预算资产财务管理较事业单位规范，问题相对较少，高校及科研院所预算资产财务管理较为薄弱，预算编制不完整不真实、财务管理问题比较突出，个别高校还存在“小金库”等严重问题。
公告指出，对检查发现的问题，财政部已依法下发处理决定，责成被查单位调账补税、加强管理、追究相关人员责任等。截至2011年7月底，大部分问题已整改到位，已有2名责任人被依法追究了相应的责任。
据了解，根据《中华人民共和国预算法》、《中华人民共和国会计法》，2010年，财政部组织驻各地财政监察专员办事处对部分中央行政事业单位2009年至2010年上半年预算资产财务情况进行了检查。其中，检查了国家税务总局、海关总署、质检总局、煤矿安全监察局、气象局等部门所属的28个二级预算单位，以及13所中央高校和4个科研院所。
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