尽管这些实验要么是试验方法错误，要么是试验结果与作者声称的结论相违背，其实验结果不被主流科学界和各国管理机构所接受，但还是被反对者频繁引用，并对公众造成误导
从试验室研究阶段开始，科学家们就对转基因食用安全性和环境影响方面进行了大量研究。在转基因作物商业化应用的15年中，科学机构或者管理机构没有发现一例食品安全事件与转基因技术相关。
许多国际权威机构例如世界粮农组织、世界卫生组织等对转基因食品的安全性已经给出国际公认的结论，即转基因食品与非转基因食品同样安全。
但是，有一些关于转基因食用安全及环境影响的研究，被反对转基因的组织或个人作为反对证据一再提及。尽管主流科学界和国家管理机构都拒绝接受这些实验结果，因为他们认为这些实验要么是试验方法错误，要么是试验结果与作者声称的结论相违背。但这些实验结论仍被频繁引用，并对公众造成误导。
为还原这些案例的真相，本文将对上述案例逐一进行回顾。
靠不住的“普兹泰实验”
在这些被科学界拒斥的研究中，最早被发现有科学问题的一个是苏格兰罗威特研究所（Rowett Institute）的普兹泰（Arpad Pusztai）试验。
1998年8月10日，苏格兰罗威特研究所的普兹泰在电视节目中介绍了自己的一项实验。他用两种没有在市场上销售过的转入了植物凝血素的转基因土豆喂养老鼠，发现“这些食用了转基因土豆的老鼠出现了轻微的发育迟缓现象，免疫系统也受到影响。”
普斯泰的实验设计方法遭到了由罗威特研究所和其他科研单位的科学家共同组成的委员会质疑。这个委员会质疑的内容包括：第一，普兹泰选择未做熟的生土豆作饲料来喂养大鼠，而土豆在生吃状态下含有很多自然毒素，容易导致问题；第二，普兹泰声称发现了毒性反应的凝血素的实验组并未使用转基因土豆，而是直接在普通的生土豆中添加外源低毒性凝血素，且用量超过正常适用范围的5000倍。另一种较安全的凝血素无论是在转基因实验组中，还是被人为地加入土豆中（含量是转基因土豆的100倍），都没有对老鼠的发育产生任何的影响。
英国皇家学会对“普斯泰事件”高度重视，组织专家对该实验展开同行评审。1999年5月，评审报告指出普斯泰的实验存在严重错误，主要包含六个方面：不能确定转基因与非转基因马铃薯的化学成分有差异；对试验用的大鼠仅仅食用富含淀粉的转基因马铃薯，未补充其他蛋白质以防止饥饿是不适当的；供实验用的动物数量太少，饲喂几种不同的食物，且都不是大鼠的标准食物，欠缺统计学意义；实验设计差，未按照该类试验的惯例进行双盲测定；统计方法不恰当；实验结果无一致性。通俗地讲，该实验设计不科学，实验的过程错误百出，实验的结果无法重复，也不能再现，因此结果和相应的结论根本不可信。
此外，英国著名的营养毒理学家、伦敦国王学院的Tom Sanders教授还指出，普兹泰观察受试老鼠脑组织的做法也是错误的，因为成年老鼠的脑组织结构与食谱无关。调查委员会得出结论，普兹泰的数据不能作为支持转基因食品会损害发育和免疫系统的证据。随后，英国皇家学会先后组织了不同领域的专家对普兹泰的实验进行了评估。他们发现了更多的问题。普兹泰的实验设计中没有确立一个明确的研究命题，没有设置清楚的对照组，也没有采用双盲对照的方法。
普兹泰后来发表了其实验结果，但随后很多试验室表示，无法重复其实验。在遭到广泛的科学伦理质疑的情况下，69岁的普兹泰无法继续在科学界工作，最后选择了退休。但多年后，一本流传广泛的名为《粮食危机》的著作将其退休描述为罗威特研究所受到了当时英国首相布莱尔的压力，而布莱尔这么做则是听命于当时的美国总统克林顿。
这个所谓的“阴谋论”指责非常不靠谱，因为科学界对普兹泰研究的质疑不是受到政治压力的产物，而是基于其数据的准确性和试验设计是否科学。提出指责的科学家也远不限于美英两国科学家。正如英国《独立报》著名的评论人Steve Connor在评论普兹泰事件时所说，“科学之所以成为科学，只是因为它通过了同行评议与验证。”
帝王蝶与墨西哥玉米的鏖战
1999年，美国康乃尔大学昆虫学家John Losey在《自然》杂志上发表通讯，报道在试验中，用拌有转Bt基因抗虫玉米花粉的马利筋草可致帝王蝶（Monarch Butterfly）幼虫死亡。这一研究发表后，立刻在世界范围内掀起了一场有关转基因作物生态安全的辩论。环保主义者因此提出应限制种植与销售Bt玉米。
然而，Losey的实验受到了同行科学家们和美国环境保护局的质疑，质疑包括：这一实验是在实验室完成的，并不反映田间情况，而直接把实验室试验结果推广到自然界是环境研究的第一大忌。另外，该实验报告没有提供花粉量的数据。针对这些质疑，美国环境保护局组织昆虫专家对帝王蝶问题展开专题研究。结论认为，转基因抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁，原因是：（1）玉米花粉大而重，因此扩散不远。在田间，距玉米田5米远的马利筋杂草上，每平方厘米草叶上只发现有一粒玉米花粉。（2）帝王蝶通常不吃玉米花粉，它们在玉米散粉之后才会大量产卵。（3）在所调查的美国中西部田间，田间帝王蝶的实际数量很大。
2001年，美国环保局组织昆虫专家们对此进行专题研究讨论后认为，抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶的威胁极其微小。此后，很多科学家对帝王蝶的研究和观察一直在继续，基本上认可了美国环保局的结论。
就在帝王蝶事件余波未平之际，美国加州大学伯克利分校的David Quist 和Ignacio H. Chapela于2001年11月在《自然》杂志上发表通信，报道说在墨西哥南部禁止种植转基因玉米的地区种植的地方品种中，检测到转基因作物。如果属实，该研究表明商业化转基因作物与地方品种间存在大量的基因流动。
但David Quist和Ignacio H. Chapela的研究很快遭到同行科学家质疑。其他科学家检查了其试验过程和数据，发现多处错误。《自然》于2002年4月11日载文2篇，批评该文作者在基因检测时，错误解释了试验结果，他们的结论是对不可靠的实验结果的错误解释。
《自然》杂志同期发表编辑声明：该文所提供的证据不足以支撑其发表，两位作者为支持其结论提交的新证据还需要进一步检验。
帝王蝶与墨西哥玉米事件表明，科学界一直在密切关注转基因作物是否会对环境造成影响，而并非如一些反对转基因的人士所说的，这方面的研究被压制。相反，各国农业环境保护专家，包括美国国家科学院、环保局，欧盟政府研究机构，还有中国农科院植物保护所的专家等，都在对转基因作物的种植进行长年严谨的监测和研究。而帝王蝶与墨西哥玉米事件最初的论文被发表后，科学界也在自发地检验，重大的指控是否有足够的证据来提供支持这一科学界的基本逻辑。
老鼠喂养玄机
在帝王蝶与墨西哥玉米事件后相当长一段时间，科学界都没有发现转基因毒副作用的报道。直到2007年，在奥地利政府的资助下，维也纳大学的泽特克教授（Jürgen Zentek，目前供职于德国柏林工业大学）及其研究小组受奥地利政府委托，对孟山都公司研发的转基因玉米NK603（抗除草剂）和转基因玉米MON810（Bt抗虫）的杂交品种进行了实验。他们声称，喂了20周的转基因杂交玉米的小鼠产下的第三窝和第四窝的后代数量较少、体重较轻。这一结论立刻被绿色和平组织等反转基因团体广泛传播，说转基因作物的遗传毒性到第三代开始暴露。
实际上，奥地利政府关于转基因玉米是否影响老鼠生殖共委托进行了三项研究，其中仅泽特克负责的一项发现了潜在问题。奥地利联邦卫生家庭及青年部对此展开了调查，并分别委托同行和欧洲食品安全局（European Food Safety Agency）对该研究进行评议。受奥地利政府委托的专家和欧洲食品安全局分别得出了结论，认为这一项研究对统计数据的分析是不正确的，因此其结论不可靠，不能用于回答该转基因作物是否安全的问题。2010年3月，奥地利政府更是进一步宣布，不接受泽特克提交的研究。
就在泽特克研究引发争议的同时，2007年，法国Citoyennes 科学基金会的Gilles-Eric Seralini及其同事把欧盟转引的美国孟山都公司对转基因玉米MON863的安全性研究的实验数据重新做了统计分析，认为食用了90天转基因玉米的老鼠，与食用转基因玉米不到90天的老鼠，其肝肾生化指标有差异。据此把这种差异解释成食用转基因玉米后造成的。
但Seralini及其同事的文章发表后，马上受到科学家及相关监管机构的广泛质疑和批评。为此，几个国家的相关政府机构都组织了专家委员会对他们的研究进行调查，包括欧盟食品安全局、法国生物技术最高管理委员会、法国食品安全与卫生局、澳大利亚与新西兰食品安全局、德国风险评估联邦研究院和日本食品安全委员等。
2009年初，以上几个国家的食品安全局的专家委员会相继发表了正式声明，明确指出了Seralini等人的数据分析方法是错误的，最主要的一个错误是使用基本统计学的方法来处理生物统计学问题，也就是忽略了生物的个体差异性所产生的离散现象，他们的研究不符合世界公认的来自世界卫生组织、欧盟、日本、美国、澳大利亚等食品卫生局颁布的生物统计学标准，按错误方法得到的结果是错误的，因而结论是不成立的，不能为产品安全评价提供依据。因此，上述国家的食品安全委员一致认为Seralini等人的研究是无效的。
科学的态度
针对各种有关转基因是否有危害的研究，中国农科院植物保护研究所所长吴孔明指出，对于像转基因这种新生事物，非常有必要对其进行深入研究。科学的态度就在于及时发现问题并提出解决方案。“但科学研究必须符合规范，任何的科学结论也必须建立在能站得住脚的科学证据基础上。”吴孔明说。
