在1994年6月举行的中国工程院成立暨首届院士大会上，朱光亚以全票当选为中国工程院首任院长。
朱光亚比任何人都清楚地意识到自己肩上担子的分量。他思考最多的问题，是如何发挥集体的智慧，把基础打好，不辜负党、政府和广大工程技术界同志的期望。
工程院成立之初的办公条件十分艰苦，连固定的办公地点都没有。后来，在解放军总政治部的帮助下，他们在军事博物馆的后楼租了一层房子，这才挂出了中国工程院的牌子。当时也没有食堂，朱光亚就和工作人员一起吃普通盒饭。冬天没有保温设备，饭菜送到时已经凉了，他二话不说照样和大家一块吃，吃完饭便又接着去工作。看到这情景，年轻人都很受感动。那时，工程院人手少，任务重，经常加班，有时还要加到深夜，但谁也没有怨言。因为除了事业的激励外，大家还受到了榜样的激励。他们说，朱院长这把年纪了还领着我们一块儿干，我们还有什么可说的。
就是在这样的工作条件下，朱光亚以他惯有的严谨、扎实的工作作风和团结协作的精神，在不到一年的时间内，先后领导同事们完成了医药卫生学部的筹建，选出了该学部首批院士(30名)，还完成了其他6个学部增选第一批院士的工作。
朱光亚任中国工程院院长四年，这四年是工程院增选院士次数最频繁、人数发展最快的四年。这四年，中国工程院在他的主持下，从无到有地建立起了一套比较完善和规范的增选制度、原则以及实施办法，保证了增选工作的顺利、健康发展。在每轮评审会议上，朱光亚都要一次次地亲自向全体院士做说明，以便大家共同遵循这些原则。1997年7月，在第一轮评审会议开始之前，他就怎样全面理解、准确把握、严格坚持院士标准条件的问题讲了三点精神：“一要研究和注意以标准条件作为一个客观尺度来衡量所有候选人；二要研究和注意根据候选人工作的不同特点及其工作成果全面地、科学地评价他的科学成就和贡献；三要注意研究学风和道德问题。”这三点精神既有原则性又便于理解掌握，在实际工作中收到了较好的效果。
为使中国工程院的工作更好地适应全面发展的形势，1996年朱光亚主持制定了中国工程院第一个长远发展计划——《中国工程院“九五”工作计划及2010年发展若干初步设想》。在这个计划的制定过程中，他先后主持了两次院长办公会和一次主席团会议进行专门讨论，初稿形成后又提请全体院士征求意见，共五次易稿，而最后两稿都是经他亲自修改过的。由于措施得力，针对性强，许多工作在较短的时间内取得了明显进展。
在许多基础性工作中，加强学风道德建设，一直是朱光亚主持中国工程院工作时的一个重点。
1994年6月，在朱光亚当选为中国工程院院长的第一天，他向全体院士发表就职讲话时说，我们作为中国工程院的首批院士，要在整个科技界发扬科学精神和优良学风，树立起高尚的职业道德。在1995年工程院首次增选院士的评审会议上，他又一次语重心长地对大家说：“国务院文件和《中国工程院章程》中都做出了明确规定，中国工程院院士是国家设立的工程技术方面的最高学术称号，享有终身荣誉。因此，我们作为具有这样很高声誉的院士个人，理所应当在工程技术上要有重要成就和贡献。同时也应该具有良好的学风道德，使得中国工程院这个集体，真正成为全国工程技术界的榜样。”
1997年7月，朱光亚亲自修订了他在院士增选会议上的讲话稿，对学风道德问题又做了特别强调。他极力主张并主持设立了中国工程院科学道德建设委员会。为了发挥道德委员会的实际作用，他亲自向主席团推荐潘家铮、侯祥麟两位主席团成员为道德建设委员会的正副主任。主席团明确规定了道德委员会的职能，即弘扬科学精神，倡导优良学风，维护科学真理和科学道德，捍卫科学尊严，反对封建迷信和伪科学等。
特别声明：本文转载仅仅是出于传播信息的需要，并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性；如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用，须保留本网站注明的“来源”，并自负版权等法律责任；作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜，请与我们接洽。
