在1月10日～11日举行的中国地质科学院2009年度科技成果汇报交流暨十大科技进展评选会上，来自国土资源部、科技部、教育部、中国科学院、国家自然科学基金委员会、中国地震局、中国石油化工集团公司等部门的40位院士、专家，评选出该院2009年度十大优秀科技进展。
2009年度十大科技进展包括：祝有海研究员团队第一次在全球中低纬度高原冻土区发现天然气水合物，项目组在祁连山冻土区相继组织实施了3口科学钻探井，均成功钻获天然气水合物实物样品，同时在天然气水合物调查技术和配套装备研发等技术攻关方面也取得重要进展。
董树文、高锐研究员团队在大巴山地区建立了陆内薄皮造山模式，提出大巴山油气勘察突破的新思路。项目成果被专家委员会认为是一项深部和浅部、地质与地球物理相结合的优秀研究成果，对该类研究具有示范作用。
季强研究员团队在热河生物群研究领域再获重大进展，2009年新发现的早白垩世哺乳动物亚洲毛兽，揭示了哺乳动物耳区演化过程。相关研究成果发表于国际顶级刊物《科学》杂志。
孙青研究员团队在我国首次发现并成功分离出湖泊中长链烯酮母源等鞭金藻，进行单藻种控温培养，建立了长链烯酮不饱和度与水温关系方程，表明长链烯酮是可靠的陆地温标；在国际SCI检索期刊发表论文7篇，引起广泛关注。
张光辉研究员团队通过华北平原区域水资源特征与作物适应性研究，首次查明区域水资源变化与作物布局的区位关系，为从根本上缓解华北平原地下水超采问题提供了科学依据。
王安建、王高尚研究团队建立了矿产资源需求理论与预测模型，发现了人均矿产资源消费与人均GDP的相关规律、矿产资源消费强度的倒“U”型规律、能源弹性规律、矿产资源消费波次递进规律及矿产资源价格规律，建立了资源供需、价格、碳排放数据库及预测模型；预测研究全球及我国未来25年资源供应趋势，为政府决策提供依据。
唐菊兴研究员团队应用矿床成矿系列理论指导找矿实践，通过公益性勘察与商业性勘察紧密衔接，实现西藏甲玛铜多金属找矿重大突破。
在冈底斯甲玛铜多金属矿示范区，提交铜金属量超过400万吨、钼金属量超过45万吨、伴生金金属量83吨、铅锌金属量超过70万吨、伴生银金属量超过5000吨，使其发展成为国内外少见的矽卡岩型+角岩型超大型铜多金属矿床。
吕君昌博士等研究人员在辽西发现翼龙从原始到进步的演化过渡类型——达尔文翼龙，既填补了翼龙演化的空白，又有可能打破对翼龙传统的二分方法，为生物宏观演化机制提供例证。研究成果发表在英国皇家学会学报后，国际顶尖刊物《自然》杂志为此专门发表评述性文章，给予了高度评价。
林品荣研究团队自主研发的大深度高分辨电磁探测技术与多功能电法仪，填补了我国多功能电磁测量仪器的空白，将地下有效勘探深度由500米提高到1000米，为我国深部找矿工作提供了新的先进技术装备。
耿元生研究员团队通过对阿拉善西部早前寒武纪阿拉善岩群进行研究，厘定了阿拉善地块在不同地质阶段的构造归属；以丰富的测年数据为基础建立了岩浆演化序列，对重新认识阿拉善地区的变质基底及构造属性具有重要意义。
