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| Microorganisms：2020年高引文章荐读丨MDPI 编辑荐读 |
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期刊链接：
https://www.mdpi.com/journal/Microorganisms
引 言
Microorganisms期刊为您推荐5篇2020年高引文章，主题包括：“2019冠状病毒病 (COVID-19) 的肠道微生物群失调—过度免疫反应—炎症三联体: 药理学和营养学疗法的影响”、“细菌耐药性的群体感应调节”、“污染水/土壤环境中右旋苯醚菊酯的微生物降解的新见解”、“在CRISPR时代植物-微生物相互作用促进农业可持续发展的探索”和“健康与疾病中的人类口腔微生物组：从序列到生态系统的研究”，希望为读者带来启发。
1 Gut Microbiota Dysbiosis–Immune Hyperresponse–Inflammation Triad in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Impact of Pharmacological and Nutraceutical Approaches
2019冠状病毒病 (COVID-19) 的肠道微生物群失调—过度免疫反应—炎症三联体: 药理学和营养学疗法的影响
Sofia D. Viana et al.
DOI：10.3390/microorganisms8101514
2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 是由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型 (SARS-CoV-2) 引起的流行性传染病。其潜在的病理生理机制是多因素而复杂的，可被总结为免疫系统的过度反应，它引发了个体的炎症/细胞因子风暴。特别是对于已有心血管、代谢、肾脏和肺部疾病的老年患者，这种疾病尤其严重，导致其在重症监护病房 (ICU) 长期住院和死亡率增加。同时，这类人群也更容易发生肠道微生物群失调。肠道微生物群在宿主的许多代谢和免疫功能中发挥着重要作用，包括指挥和加强免疫系统来对抗病毒引发的感染。值得注意的是，研究已表明在COVID-19患者中存在肠道微生物群的失调。此综述强调了在个体对 SARS-CoV-2 感染的恢复力/脆弱性中肠道微生物群失调—过度免疫反应—炎症三联体间的相互作用，并整理了药理学和营养学疗法对它们的影响，其中重点关注肠道微生物群失调。
2 Quorum-Sensing Regulation of Antimicrobial Resistance in Bacteria
细菌耐药性的群体感应调节
Tian Ding et al.
DOI：10.3390/microorganisms8030425
群体感应，也称为密集感应，是一种广泛存在于微生物群中的细胞间的通信系统，与细胞密度密切相关。它通过合成和分泌信号分子 (也称为自我诱导分子) 来控制细菌的各种生理行为。当信号分子的浓度随着细菌种群密度达到一定阈值时，某些特定基因开始表达，以调节细菌种群至适应状态。高密度的菌落种群可以产生足够数量的小分子信号，激活包括毒力和耐药机制在内的多种下游细胞活动，以耐受抗生素并对宿主造成损伤。本文章总结论述了微生物群体感应系统的研究现状，重点介绍群体感应系统在调控微生物耐药机制中的作用，如药物外排泵、微生物生物膜形成的调控等，并讨论了利用群体淬灭手段来预防微生物产生耐药性的新策略。
3 New Insights into the Microbial Degradation of D-Cyphenothrin in Contaminated Water/Soil Environments
污染水/土壤环境中右旋苯醚菊酯的微生物降解的新见解
Shaohua Chen et al.
DOI：10.3390/microorganisms8040473
杀虫剂右旋苯醚菊酯的广泛使用已造成严重的环境污染并引起公众关注，然而，其微生物降解机制仍然未知。本研究中，首次鉴定出一种高效降解右旋苯醚菊酯的菌株—琥珀葡萄球菌 HLJ-10。通过Box-Behnken 设计，成功地采用响应面方法对其培养条件进行了优化。优化条件下，右旋苯醚菊酯 (50 mg·L−1) 在矿物盐介质中的降解率在7天内达到90%以上。动力学分析表明，与对照组相比其半衰期缩短了61.2天。同时，在其生物降解途径中检测到8种中间代谢物，且首次报道了通过裂解羧酸酯键和二芳基键来降解右旋苯醚菊酯的方法。这些发现揭示了高效降解右旋苯醚菊酯的菌株的生化基础，并为消除拟除虫菊酯的环境残留提供了有效试剂。
4 Exploration of Plant-Microbe Interactions for Sustainable Agriculture in CRISPR Era
在CRISPR时代植物-微生物相互作用促进农业可持续发展的探索
Jae-Yean Kim et al.
DOI：10.3390/microorganisms7080269
植物和微生物在自然界中共同进化并相互作用。微生物群在促进植物生长和保护植物免受各种胁迫中的作用是众所周知的。近年来，我们对植物微生物群落组成和其重要驱动因子的认识有了明显提高，合理利用植物微生物组是下一次绿色革命的可靠方案。多方面的植物-微生物相互作用的应用需要使用新的工具来加深对关键的遗传和分子层面的了解，运用CRISPR/Cas介导的基因组编辑工具对探索植物-微生物相互作用具有重要意义。系统地了解植物与微生物之间的相互作用将有助于提高微生物或者植物的农艺性状改良能力。本综述重点讨论了在植物或相关微生物群中应用基因组编辑技术，以发现植物-微生物相互作用、抗病性、促植物生长活性的基本原理及其在农业中的应用前景。
5 The Human Oral Microbiome in Health and Disease: From Sequences to Ecosystems
健康与疾病中的人类口腔微生物组：从序列到生态系统的研究
Jesse R. Willis and Toni Gabaldón
DOI：10.3390/microorganisms8020308
人类口腔是丰富多样的微生物群落的家园，其组成和在健康与疾病中的作用是近年来的研究热点。由于测序技术的发展，即使是无法培养的口腔微生物，也可以有效地探索其多样性和作用。最近，基于测序的研究已经绘制了口腔生态系统以及它们如何因生活方式或疾病状况而变化的图表。随着研究进展，越来越多的证据表明口腔微生物组在各种健康状况中发挥着重要作用，并且不仅仅局限于口腔疾病。反过来，由于口腔微生物组监测和操作的便利性，又为基于微生物组的诊断和治疗开辟了新的途径。然而，仍然存在很多挑战，在这篇综述中，作者总结了目前用于探索口腔微生物组的主要测序方法，并强调了其主要成果，最后讨论了该领域的发展前景。
Microorganisms期刊介绍
主编：Martin Von Bergen, Department of Molecular Systems Biology, Helmholtz Centre for Environmental Research—UFZ, Germany
期刊主题涵盖微生物学的各个研究领域，重点刊载环境、植物、食品、肠道、医药、技术等微生物相关领域的学术文章。现已被SCIE (Web of Science)、PubMed (NLM)、Scopus等重要数据库收录。
2020 Impact Factor：4.128
Time to First Decision：15 Days
Time to Publication：33 Days
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