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| 课堂笔记分享：为开放科学添砖加瓦 | Microbiome |
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期刊：Microbiome
作者：Dr. Jacquelyn Meisel
原文链接：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles?utm_source=other&utm_medium=other&utm_content=null&utm_campaign=BSCN_2_WX_MicroBio_Scinet
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传播科学的方式正迅速地发生着变化。Microbiome期刊的奖项获得者Jacqueline Meisel博士在2018年夏天参加了为期一周的FORCE11学术交流训练班，这个训练班的训练内容包括研究的可重复性，发表前后的同行评议以及开放数据可视化信息等。她希望通过参加训练班了解和学习到在自己的研究过程中需做些什么才能为开放科学发展做出贡献。来听听她的学习心得吧。
FORCE11（the Future of Research Communications and e-Scholarship）是一个致力于改进科学和学术交流实践的团体。今年早些时候，他们组织了FORCE11学术交流培训班（FSCI 2018），在美国加州大学圣地亚哥分校举办了为期1周的培训课程。FSCI 2018的参与人员包括科研人员、图书管理员、出版商以及来自其他多个科学人文领域的专业人士。
培训班共3个课程，涉及主题包括研究可重复性、不诚实发表行为的辨别、同行评议、开放获取成本等等。作为一名计算生物学家，我参加了此次培训班，想进一步了解学术交流领域的知识，以及我需要在自己的研究中做些什么才能为开放科学发展做出贡献。
研究可重复性
第一堂课是“使用开放创作工具完成可重复的研究报告和动态文档：未来论文的走向”。虽然自400多年前出现期刊论文以来，学术交流已取得了长足发展，但现在受制于传统文章格式限制，科研人员们仍使用静态文档。通常情况下，这并不是呈现当今大型数据集的最佳方式。
我们讨论了写作编程的最佳方式以及让作者将代码和文本组合成交互式文档或研究纲要的好处。我们探索了包括RStudio在内的一些工具，这些工具能够帮助研究人员集中地进行数据分析，并在收集数据过程中及时更新报告。我们还使用了Caltech的Author Carpentry资源，它实际上是Software Carpentry和Data Carpentry项目向开放可重复科学写作和发表方向的拓展。
当前制作和发布动态文档面临的挑战包括，如何更好地定义每个领域的研究概要需包含那些内容，概要中如何引用数据集、软件和文章，数据应如何归档，以及如何维护相对稳定的文档版本以供发表和版权处理等。另一个问题是计算工具更新换代非常快，今天使用的资源明天可能就过时了。因此，能够保留运行环境的容器化方法被认为是未来重复分析的一种可行方案。
发表前后的同行评议
下午课程的主题是“发表前后的同行评审：视角和平台”，我们讨论了常见同行评议操作的优缺点。20世纪60年代后期，学术期刊发表引入同行评审的最初动机是需要增加人力来处理投稿并提高出版物的质量。如今，同行评议有助于核实论文的准确性，向文章作者提供反馈，并为编辑提供可供发表的研究选择。但与此同时，同行评议进程缓慢，耗费时间长，成本昂贵，也容易产生偏倚。
我们在同行评议中观察到的一个问题是期刊描述的同行评议方式与实际操作之间存在差异。这种差异与所属领域、期刊、审稿人、评估标准、评估时间方式均有关系。通常情况下，我认为同行评议就是向期刊投稿后进行的正式流程，但我们也考虑了非正式同行评议的重要性，包括Twitter和其他社交媒体上发帖后的回复以及同事的反馈。
我们可以从很多方面改进同行评审。例如，增加审稿人的培训，并提出更明确的指导方针，可能会提高同行评议的质量。此外，期刊可以邀请专业团体或使用软件对论文的可读性和完整性进行预检，然后再将文章发送给审稿人进行科学价值评估。我们还可以鼓励注册报告投稿，只要其研究方法科学可靠，期刊即可在研究完成之前同意发表。为了提高审稿人的积极性，我们还讨论了如何对审稿人的工作表示认可，可行的方法包括利用类似Publons这样的网站等。
开放数据可视化
在最后一堂课“开放数据可视化——工具和技术实现更理想的数据报告”上，我们概述了不同数据可视化工具的优缺点。对于最常用的工具，大家都很清楚的了解它们的优点包括源代码开放，拥有庞大的用户群以及具备制作专用图的能力。但相应的缺点是学习曲线过于陡峭。接着我们探讨了生成、可视化处理、解释和传播数据过程中的不同步骤。最后，我们使用开源工具Apache Superset来对一些临时数据进行了可视化处理。
在学术交流培训班度过的一周鼓励我进一步了解如何分享自己的研究成果，包括考虑如何存储和分析数据，如何提供对原始数据和源代码的访问，应寻求做哪种正式和非正式同行评议以进一步提升我的研究，以及究竟应该向哪些期刊投稿（以及它们是否为开放获取！）。开放科学是未来的发展方向，而FSCI 2018这样的项目正逐步使其成为现实。
阅读原文了解Microbiome 对开放科学的最新贡献：
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles?utm_source=other&utm_medium=other&utm_content=null&utm_campaign=BSCN_2_WX_MicroBio_Scinet
期刊介绍:
Topics broadly addressing the study of microbial communities, such as, microbial surveys, bioinformatics, meta-omics approaches and community/host interaction modeling will be considered for publication. Through this collection of literature Microbiome（https://microbiomejournal.biomedcentral.com/, 9.133 -2-year Impact Factor, 10.903 -5-year Impact Factor） hopes to integrate researchers with common scientific objectives across a broad cross-section of sub-disciplines within microbial ecology.
（来源：科学网）
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