苹果不同品种的采收期集中在7月至10月，因而，果实的耐贮藏性对苹果周年供应十分重要，果肉硬度和果肉脆度保持性是果实耐贮藏性状的核心技术指标。

中国农业大学园艺学院苹果育种团队在《植物生物技术杂志》在线发表研究论文，采用56个基于QTL的基因标记构建了苹果果肉硬度保持性状和果肉脆度保持性状的基因组辅助预测模型，预测准确性分别为0.55和0.6。

该研究以4个亲缘关系相远的亲本配置的3套杂交组合共2,664株杂种后代为试验材料，采用BSA-seq和RNA-seq技术以及自主研发的BSATOS分析软件，结合连续两年的耐贮藏性状表型数据进行QTL定位。分别获得与果肉硬度保持性状和果肉脆度保持性状关联的QTL位点32个和30个，其中两个性状的部分QTL有重合或重叠。

采用多组学联合分析在QTL区间预测候选基因，利用候选基因上的变异位点开发56个KASP标记，再利用随机训练群体估算标记基因型效应值，分别用该性状所有标记基因型效应值拟合建立基因组辅助预测模型。在56个候选基因中，MdERF3启动子的8 碱基缺失和MdERF118启动子的3碱基缺失被证实为功能变异位点，与MdDOF5.3、MdPGLR3、MdPME2、MdACO4和 MdRAVL1等基因上的变异位点构成复杂的遗传变异网络。

据悉，该团队目前已开发出苹果基因组辅助预测芯片AppleGAP v2.0，包含319个标记，可以对苹果属植物14个优质抗病性状进行辅助预测，将成为我国苹果分子育种的有力工具。

相关论文信息：https://doi.org/10.1111/pbi.13527