自从2004年年底从兰州大学调到南开大学，李卫东发表的论文寥寥无几。在此期间，他的十几名学生因为论文没有发表，而拿不到博士学位。这为他招来了质疑。
李卫东告诉中国青年报记者，很多人表示不理解，“有成果为什么拖着不发表”？包括他的学生在内，陆续有人督促他发表论文。而他认为，自己的研究是一系列的，时机不成熟时，自己不会投稿。这是自己作为学者的权利，“不需要其他人来指手画脚”。“宁坐板凳十年冷，不写文章半句空”。
“做学问的人就不能淡定一点吗？”他说，目前各高校攀比论文数量，论文发表期刊的“影响因子”越高越好。学校设有鼓励办法，教师每发表一篇论文，就按照影响因子乘以一定的系数，以此计算和发放奖金。与之相应的是，作为科研的主力，博士生不发表一定数量的论文就不能获得学位。
“这些土政策非常丑陋，把我们看成叫花子一样。”他说，我“宁可去要饭”，也不会去拿这样的奖金。
“你要是钻进你的课题里，你就会很有乐趣。”李卫东说，做学问是一件令人高兴的事情，自己老老实实做学问，做得很有意思。与自己相比，学生们的压力更大。他们通过了博士论文答辩，也得到了论文评审专家的认可，却没人关注他们真正的水平，而是依据发表论文与否来决定是否授予学位。
“对的和错的，其实大家都很明白。”他说，导师遇到这样的情况，只有两条路，一条是像自己这样坚持，另一条是顺从规则。但如果所有的教师都能坚持，教师就不会被学校绑架，学校也不会被指挥棒绑架。
“我问心无愧。”李卫东对记者说，“需要改变的不是我，而是这个制度本身。”
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