征求意见稿明确提出，各级教育行政部门将从具体的行政管理，转向依法监管，尊重学校办学自主权，切实减少过多、过细的直接管理活动。
以学术自由为例，征求意见稿指出，学校要在机构设置和职能上，实现行政权力与学术权力的相对分离，保障学术权力按照学术规则相对独立行使。对涉及学术自由、学术道德的行为，要建立科学的认定程序和办法。学校配置资源以及实施专业技术职务评聘、岗位聘任、学术评价和各种评优、选拔活动，都要按照公平公正的原则，制定具体的实施规则与办法，接受利益相关方的监督。
征求意见稿规范了决策程序和决策的“埋单”人。征求意见稿说，在重大决策执行过程中，学校要跟踪决策的实施情况，全面评估决策执行效果，并根据评估结果决定是否对决策予以调整或者停止执行。公办学校因违反决策规定、造成重大损失的，要按照谁决策、谁负责的原则追究责任。
征求意见稿加强对师生基本权益的保障。征求意见稿提出，“在学校的学术组织中要保证普通教师代表的比例不低于50%”；“专业技术职务评聘办法、收入分配方案等与教职工切身利益相关的制度、事务，要经教职工代表大会审议通过”；“涉及师生利益的规范性文件实施前要经过适当的公示程序和期限，未经公示的规范性文件不得施行。”
在直接涉及学生个体利益的活动中，家长委员会有了发言权。征求意见稿说，中小学应当逐步建立健全班级和学校两级家长委员会。学校实施采购校服、订购教辅材料、组织活动、代收费用等直接涉及学生个体利益的活动，一般应由学校或者教师提出建议和选择方案，并作出相应说明，提交家长委员会作出决定。
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