深圳市考试院网站上的数据显示，截至5月10日下午5时，参加南方科技大学副校长公选的报名人数已达到86人，远高于深圳市委组织部同期推出的其他选拔岗位的报名人数。
高擎“去行政化”改革大旗的南方科技大学一直是媒体和社会关注的焦点。几天前，深圳市委组织部的一纸选聘公告将南科大再次推上了风口浪尖。根据这份公告，深圳将面向国内公开推荐选拔2名南方科技大学副校长，级别为正局级。
此举引起了一些业内人士的质疑，认为这表明政府对南科大的管理并没有突破原有公办本科院校的模式，完全背离了此前宣传的“南方科技大学是按照国际一流大学标准，采取新思维、新机制筹建的一所新高校”。21世纪教育研究院副院长熊丙奇据此撰文：“深圳的这一招聘，暴露出政府部门对学校的固有管理思维，已经给南科大造成了严重的伤害。让一直走在去行政化改革道路上的南方科大前景存疑。”
一直关注南科大发展的深圳市政协委员金心异也在微博上表示了疑问：朱清时校长手上究竟有多大的人事权？如果副校长不由他来任命的话，校长会不会被架空？
对深圳市委组织部此举，朱清时在接受采访时说，学校虽然提出去行政化，但如果完全跟政府不对接，也有困难之处。他坦承，筹办之初，确实有由政府派两名干部到学校来的想法，但他同时强调，他本人是聘请过来的，不会有行政级别，以后南科大自己产生的管理人员也是没有行政级别的。
5月11日下午，记者致电深圳市委组织部，一位工作人员告诉记者，虽然选拔具有行政级别的南科大副校长引起了一些争议，但选拔程序已经启动，选拔工作会按原计划推进。
几天前，教育部公布了2011年具有普通高等学历教育招生资格高校的名单，教育部有关负责人还表示，不在此名单之列的高校不具备招生资格，如违规招生，所招学生的学籍、发放的毕业证书国家不予承认。
南方科技大学未能进入这份名单。南科大有关负责人表示，此事对南科大影响不大。目前，该校的各项筹建工作正按照深圳市的规划及既有办学理念稳步推进，自主招生的教改实验班顺利开学，南科大理事会章程和管理暂行办法也已上报有关部门。
这位负责人表示：“南科大正在做自己想做的、要做的事情，希望能为中国高等教育改革探一条新路，也希望学校能有一个良好的办学环境。”
虽然教育部此前曾公开表示支持南科大的改革，但此次南科大没有获得招生资格，让很多网友开始担心南科大的高教改革之路能走多远。
福建一位网友表示，教育部既然支持南科大的改革，就应该拿出实际行动，希望能够公布南科大未获招生资格的原因。
更多网友则在跟帖中表达了对南科大去行政化改革和自主招生的支持，新浪网一位网友表示，自主招生是现代高校的必由之路，学校的命运应该由学校自己决定，由市场决定。
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