根据国家自然科学基金委员会（NSFC）与日本学术振兴会（JSPS）的双边合作协议，双方每年共同资助合作与交流项目，包括合作交流项目和双边学术研讨会。经双方协商，2011年度将共同资助合作项目14项，其中合作交流项目10项，双边研讨会4个（其中2个在中国举办，2个在日本举办）。
对于获准立项的合作交流项目，NSFC将向中方合作者提供中国科学家访问日本的双程机票费和接待日方科学家访华的生活费和城市间交通费；JSPS将向日方合作者提供日本科学家访问中国的双程机票费和接待中方科学家访日的生活费和城市间交通费。每年各方的交流量不超过60人天。合作交流项目的期限为2年9个月，从2011年4月至2013年12月。对于获准立项的双边研讨会项目，会议地点所在国的机构（NSFC或JSPS）将提供参会中、日双方人员的食宿、交通费用和举办会议的相关费用，包括场地租用、论文集出版等。参加双边研讨会科学家的国际旅费将由本国机构（NSFC或JSPS）提供。每个双边会的交流量不超过50人天。
1、申请人资格
合作交流项目中方申请人必须具有2012年及以后结题的基金项目。双边研讨会项目中方申请人须有在研基金项目。
2、申报要求
中日双方申请人需分别向NSFC和JSPS递交项目申请，单方申请将不予受理。
申请人需登陆ISIS科学基金网络信息系统，在线填报《国家自然科学基金国际（地区）合作交流项目申请书》,请注意选择项目类别和亚类。NSFC—JSPS协议项目在亚类的选项中共分三类，即合作交流项目、出国（境）参加协议双（多）边学术会议、在华召开国际（地区）学术会议。请根据申请的项目类型选择正确的表格填写。其中在日本召开的双边学术研讨会只要求中方组织者一人填写申请，并填写通知所附的英文申请书，以附件形式提交。
申请合作交流项目的申请人须认真填写申请书中“项目执行计划”和“经费申请”栏目，将每年的合作计划逐年列出，包括中方的出访时间和出访人员的名单，日方来华的时间和人员的名单。
申请双边研讨会的申请人须提供中日参会人员名单，中方参会人员应至少来自国内3个不同的单位，且每个参会人员均须是在研自然科学基金项目的主持人或主要参加人员。
此外，申请人需将系统自动生成的PDF文件打印一套纸质的中文申请书，经单位盖章确认后，于截止日期前递交或邮寄（以邮戳为限）至国家自然科学基金委员会国际合作局亚非及国际组织处(北京市海淀区双清路83号，100085)。
3、申请截止日期和通知结果日期
中方申请者向国家自然科学基金会递交申请的截止日期为2010年9月10日。评审结果将于2011年2月前上网公布并通过申请人所在单位科研处通知本人。
4、项目管理
如申请合作交流项目获得批准，申请人还需补充2011年的有关附件，包括日方的邀请函和来华确认函等。获准资助的经费将按6：0：4比例拨款。在项目执行期间，项目负责人须分别于2012、2013和2014年初基金委统一规定时间提交年度进展报告和结题报告。
双边研讨会的申请人须负责在2011年初基金委统一规定时间提交结题报告。
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