蛋白质组学是一门新兴但发展迅速的学科。近年来，国际上主要发达国家和地区纷纷加大了对蛋白质组学的支持力度，这一研究领域也由此成为各强国科技角力的新战场。10月12～13日，以“蛋白质组学：前沿与挑战”为主题的第381次香山科学会议在北京举行，与会的59名海内外科学家围绕蛋白质组学发展趋势及需求等议题展开了深入讨论。会议执行主席、中国科学院院士、军事医学科学院院长贺福初接受了记者的专访。
《科学时报》：举办此次香山科学会议的目的是什么？
贺福初：蛋白质组学是揭示生命现象和规律的必由之路，已成为21世纪 与生物技术的重要战略前沿和主要突破口，蛋白质组学研究已成为本世纪各国争夺最激烈、最重要的战略制高点之一。
中国是较早开展蛋白质组学研究的国家之一，2006年初国家发布了《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》，明确提出要将蛋白质组学研究作为重点发展方向。“十一五”期间，我国蛋白质组学研究发展迅速并步入国际先进行列。2011年将是我国“十二五”规划的开局之年，为做好未来五年蛋白质组学的研究工作，明确主要发展方向和科学问题，探讨包括蛋白质组学设施在内的我国 大设施的战略部署、建设和管理，我们在金秋十月的北京召开了这次香山科学会议。与会专家中不仅有多位两院院士和国内在不同领域作出突出成绩的中青年科学家，还有多位海外科学家，他们不远万里来到中国，共同为推动中国蛋白质组学研究向更高层次和水平发展献计献策。
《科学时报》：请您简要介绍一下最近十年来国际蛋白质组学发展情况。
贺福初：2001年国际人类蛋白质组组织的成立，极大地推动了蛋白质组研究的发展。10年来，国际蛋白质组学无论从技术方法和研究策略，还是研究资源和研究领域等都有了质的飞跃。近年来在蛋白质组定量分析，翻译后修饰研究、规模化相互作用及功能研究、生物标志物的筛选验证、抗体制备、数据标准和数据挖掘等方向取得一系列突破性进展。
其中值得一提的是，蛋白质组学技术已成为几乎所有国际著名医学研究机构的重要支撑平台，在疾病研究中的应用十分广泛。国际上也先后启动了多种疾病的蛋白质组研究计划，目标是直接寻找疾病相关特异蛋白质或对疾病相关已知蛋白质进行深入机制分析。不久前在澳大利亚悉尼召开的第九届国际蛋白质组大会上，国际人类蛋白质组组织在总结前几年国际人类蛋白质组计划各先期计划经验的同时，宣布全面启动实施国际人类蛋白质组计划。该计划的全面实施势必全面带动科学技术及生物产业的发展，中国有必要也有能力在这一宏大计划中发挥主流作用。
《科学时报》：蛋白质组学研究将呈现怎样的发展趋势？
贺福初：蛋白质组学技术的迅速发展，其学术理念和技术方法已广泛应用于 各个领域，如疾病发生发展的分子机制研究，疾病生物标志物的发现和验证研究等，蛋白质组学的广泛应用给蛋白质组学的发展提供了更多的需求和发展方向。
随着蛋白质组学的快速发展及其在多个领域中的广泛应用，其发展的重点也发生了转变，逐渐从全蛋白质组研究向亚细胞蛋白质组研究转变，从定性描述向定量分析转变，由静态研究向动态研究转变，由体外研究向体内研究转变，从实验室研究向临床应用拓展，数据产出由数量向质量转变，由简单积累向有效整合以及知识挖掘转变。
蛋白质组学不仅自身发展迅速，而且作为 与生物高技术的新一代引擎，将带动大量相关学科领域的快速发展，为 的研究、生物技术的应用和人类疾病的预防诊治带来新的革命。
如通过与基因组研究的对接，极大推动基因组的全面阐释，通过其强大的需求牵引和突出的集成融合，推动分析科学与技术、 与技术、材料科学与技术等学科在 与生物高技术中的深层次应用和各自的快速发展，为我国经济社会的全面、协调、可持续的发展提供强大的科技原动力和战略性基础性支撑。
《科学时报》：我国蛋白质组学研究都取得了哪些重要成就？
贺福初：我国政府历来重视和支持蛋白质组学的发展，过去的十余年间，在国家发改委、科技部、自然基金委以及军队和省市科技主管部门等的大力支持下，我国蛋白质组学研究迅速发展壮大，并有力地推动了国际蛋白质组学研究的快速发展。研究重心从最初的以建立技术平台，开展技术方法的研究、整合为主，逐步向以高通量的蛋白质组研究技术平台为基础，解决事关我国人民健康的重大疾病问题和重要 问题转移。涉及的领域除医学及人类自身对象以外，还涵盖了 以及农业、林业、环境、资源、能源、工业等领域中的植物、动物、微生物等。无论是在蛋白质组学技术方法，还是在重要生物学功能和重大疾病相关的蛋白质组研究方面，我国科学家都取得了一系列令国际学术界瞩目的重要成就。
2004年中国科学家首次在国际蛋白质组学最权威的专业刊物《分子细胞蛋白质组学》发表文章，近几年该刊物几乎每期都发表中国科学家的工作成果，甚至同期刊登来自同一个科研单位的三篇文章，据统计，中国科学家在国际蛋白质组学主要刊物《分子细胞蛋白质组学》、《蛋白质组研究》和《蛋白质组学》上发表的论文数量已位列世界第二位。
由我国科学家倡导并领衔的国际人类肝脏蛋白质组计划，率先提出和建立了组织/器官的蛋白质组研究框架、模式和标准，为国际人类蛋白质组计划的全面展开和顺利实施发挥了普遍的示范和指导作用。我国科学家还广泛参与了国际人类蛋白质组计划的其他分计划，如血浆蛋白质组等，一批与重大疾病和重要生物功能相关的蛋白质组研究取得明显进展。
《科学时报》：如何加快我国蛋白质学研究的发展？
贺福初：面对 前沿的领域，重大科学问题、涉及国民经济社会发展的重要应用领域的广泛需求，蛋白质组学从技术层面还有很大的发展空间。2011年是“十二五”规划的开局之年，有关部门针对蛋白质组学的发展现状和趋势，已调研论证并开始着手部署“十二五”期间的蛋白质组专项，尤其是面对“国际人类蛋白质组计划”的全面实施，有关“中国人类蛋白质组计划”的相关建议也已开始调研论证。
不久前，国家发展和改革委员会批准分别在北京和上海建设国家蛋白质科学基础设施，这是我国首个在 领域建设的大科学设施。其中，北京设施（简称“凤凰工程”）以蛋白质组学为主，由军事医学科学院作为项目法人，联合清华大学、北京大学和中国科学院生物物理研究所等共同建设，将为我国蛋白质科学，尤其是蛋白质组学的发展提供重要支撑，大幅提升我国蛋白质组学研究能力，有力保障重大科学研究计划（蛋白质科学研究计划）和“人类蛋白质组计划”等大型科技计划顺利实施，并为国内外广大用户提供高水平的技术服务。同时也为今后 领域的其他大设施的部署、建设和管理发挥重要的示范和指导作用。
在政府的支持下，我们应该抓住蛋白质组学发展的新契机，立足国际发展前沿，加强蛋白质组学新技术新方法的研究；在建设国家蛋白质科学基础设施的基础上，充分整合现有蛋白质组研究基础，建立完善国家层面的蛋白质组学协作网络；结合国际人类蛋白质组计划的全面实施，整合国内优势力量，加快启动实施“中国人类蛋白质组计划”；综合我国产出的海量人类蛋白质组数据，建立以中国为主的蛋白质数据库，积极推进蛋白质组数据对人类基因组的注释，并全面揭示生理功能调控规律和病理机制；推进前期基础研究成果的转化，为重大疾病预防诊治和创新药物研发提供理论基础、技术支撑，和具有重要应用价值的诊断试剂、药物靶点及新型药物，加强蛋白质组学在农业、工业、环境、资源、能源、林业等领域研发中的广泛应用将有力地推动我国蛋白质科学技术实现跨越式发展。
《科学时报》 (2010-11-29 B1 中国生物产业)
