为了保证《食品安全法》中食品安全国家标准有关工作的落实，规范食品安全标准管理工作，卫生部起草并发布了《
食品安全国家标准管理办法》。
该办法分七章，包括：总则，规划、计划和立项，起草，审查，批准和发布，修改和复审，附则，共计四十二条。
《办法》规定了食品安全国家标准规划和制（修）订计划的内容及制定程序、标准起草过程要求、公开征求意见要求、标准审查程序、标准批准发布形式及实施后的管理等。
《办法》从内容上体现出以下特点：
一是强调了标准制定过程的科学性，要求以食品安全风险评估结果和食用农产品质量安全风险评估结果为制定标准的主要依据，参照国际食品法典标准，同时充分考虑我国的社会经济发展水平。
二是在标准起草、审查等环节均体现了公开透明原则。要求标准在起草完成后，应当书面征求标准使用单位、科研院校、行业和企业、消费者、专家、监管部门等各方面意见。经审评委员会秘书处初审通过的标准，要在卫生部网站上公开征求意见。
三是鼓励社会广泛参与食品安全国家标准工作。任何单位和个人都可以提出标准制（修）订的建议，对公开征求意见的标准草案发表意见，对标准实施过程中存在的问题提出意见和建议。
四是突出标准审查工作的重要性。《食品安全法》规定食品安全国家标准应当经食品安全国家标准审评委员会审查通过。为了保证标准审查质量，根据《食品安全国家标准审评委员会章程》，将审评委员会内的审查细化为秘书处初审、专业分委员会审查、主任会议审议三个环节，同时增设卫生部卫生监督中心审核环节。该中心多年来一直承担着对各专业卫生标准报批材料的审核工作，有丰富的工作经验，增设此环节，有利于保证报至卫生部的标准报批材料的规范性。
据悉，2009年4月，在卫生部发布的《卫生标准管理办法》的基础上，根据《食品安全法》的有关规定，结合食品安全国家标准工作特点，卫生部组织起草了《食品安全国家标准管理办法（草案）》，并征求有关部委和各省级卫生厅局的意见。2010年2月，卫生部发布《食品安全国家标准审评委员会章程》后，根据章程和2009年7月20日公布的《食品安全法实施条例》，卫生部对《草案》进行了修改完善，并再次征求有关部委和各省级卫生厅局的意见。2010年4月30日至5月25日，卫生部将《草案》在国务院法制办网站向社会公开征求意见，共收到439条意见。根据收集到的反馈意见，卫生部对《草案》作了进一步修改，最终形成了《食品安全国家标准管理办法》。
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