一项研究表明，新近北美出现的甲型H1N1流感病毒新毒株所有的基因都来自猪流感病毒，只是来自两个不同谱系，其中一个谱系的猪流感病毒约是10年前人、禽、猪流感病毒的杂合体。
中国动物卫生与流行病学中心陈继明等研究人员，借助互联网流感病毒数据库平台，对猪流感病毒进行了谱系分析，并得出上述结论。这一成果发表在《科学通报》2009年第12期上。
对于这次出现的北美甲型H1N1流感病毒新毒株（以下称北美新毒株）的来源，在学术界有很大争议。有些专家认为，它是一个特殊的“杂合体”，含有来自北美的猪、欧亚的猪、禽和人的流感病毒的基因序列，此观点提示这个新的病毒与猪的关系不大。另一些学者则认为，北美新毒株所有基因片段都来自猪流感病毒，此观点说明这个新的病毒与猪的关系紧密。
“不是所有的人流感病毒都来自人，有时猪可以直接感染人流感病毒；也不是所有的人流感病毒演变下去，仍然是人流感病毒，它们可以分化出猪流感病毒，这些原本是人的流感病毒感染猪后，通过某些点的突变，获得对猪的适应能力，因而在猪群中广泛存在，很少再去感染人，因此它们不再是人流感病毒，而是猪流感病毒。”陈继明在7月6日接受《科学时报》采访时，解释了流感病毒的生态学特点和演变特征。
陈继明课题组借助GenBank中流感病毒网络数据库平台“Influenza Virus Resource”，对来自不同宿主的流感病毒各个基因特别是PB1基因进行了较为全面的谱系分析，结果发现，北美新毒株的NA和MP基因来自某个谱系的猪流感病毒，其HA、NP、NS、PB1、PB2和PA等基因来自于另一个谱系的流感病毒。前一个谱系是在30年前起源于禽流感病毒；后一个谱系是在10年前形成的人、猪、禽流感病毒的杂合体——其PB2和PA基因来自禽流感病毒，PB1基因来自人H3N2亚型流感病毒，其中，人H3N2亚型流感病毒PB1基因在1968年左右起源于禽流感病毒。
近日，《自然》（Nature）杂志6月刊发表了香港大学管轶等人对此病毒溯源的结果。其结论为：北美新毒株是由2种猪流感病毒的基因重组而形成的，并且这2种猪流感病毒在猪群间流行了至少10年。
管轶研究组指出，由于流感病毒的重组变异能力强，监控猪群的流感疫情具有十分重要的意义。本次大流行，就是由于没有对猪群间的流感病毒进行系统的监控，从而导致了该病毒一直存在且有机会不停演变。
管轶此前在接受媒体采访时说：“要定论一个病毒的来源，最科学的方法是从基因组来追踪溯源。”据管轶介绍，他的实验室从1976年开始一直在监控流感，采集了很多样本，建立了一个流感资料库。
这两个为了解答北美新毒株来源问题的课题组，都是从基因组研究入手，但是在另一个问题上的意见却不尽相同。管轶认为这个毒株是自然进化形成的，而非出自某个实验室。
对此，陈继明认为：“在实验室里，利用反向遗传操作技术，人为制造北美新毒株对于全球诸多从事流感研究的实验室，不是一件困难的事情，而且可以不留下任何人工操作的痕迹；也就是说，人为制造的病毒和自然形成的病毒没有区别，因此，现有的信息不能排除北美新毒株来自实验室的可能。”
不过，这两个研究组都认为，鉴于此病毒近日的流行态势，此病毒将在全球进一步扩散蔓延，将在人群中长期存在，也有可能在猪群中流行，需要密切监测猪群。
陈继明研究组指出，北美新毒株在全球范围内广泛传播之后，可能会引起原有的人甲型H1N1流感或H3N2亚型流感病毒消失。
“这个病毒传播速度快，在国内大面积传播是迟早的事，因此现在很多人在关注疫苗的生产和供应。”但陈继明建议，应该慎用疫苗，因为过去3个多月来，各国积累的大量流行病学数据表明，北美新毒株本身的毒性并不大，它的杀伤力甚至弱于季节性流感，而任何一种疫苗都有一定的毒副作用。
