“校长推荐制”引起轩然大波远远超过北大设此制度的最初预期。推荐制甫一亮相，即遭社会广泛质疑，此举会不会演变为一种潜规则、权力交易？面对怀疑，中学校长普遍采取保守的应对战略，河南省实验中学校长推荐前三名，声称不敢推荐怪才；郑州一中校长甚至放弃2/3推荐名额；接着重庆南开中学校长一语道破校长们的忧虑:“非不能也，是不敢也”。至此，这场“校长推荐制”事件无论再有什么花边后续，都已经实质性落幕，北大突破教育制度的尝试走上了符合逻辑的失败之路。
当事件演变至此，坊间必然生出“阴谋论”的怀疑。近年来香港高校在内地招生，让内地几所重点大学的高考尖子争夺战更显白热化，民众自然而然地认为北大不过是利用此举来提前预定人才。笔者则宁可把校长推荐制看做北大试图回归传统的一次实验。“兼容并包，思想自由”思想的北大传统，反映到人才选拔上就是不拘一格。这种传统并非只北大有之，是一种时代风气，无论是官办大学还是民办大学，破格录取的情况屡见不鲜。在教授选拔上，更是英雄不问出处，没有任何学历的陈寅恪先生被公认为是“导师的导师”，国学大师钱穆最初只是一位中学老师，刚刚回国年轻的胡适博士就可以担任北大系主任。北大当初能够出现开时代之风气，领学界之风骚的盛况与这种人才选拔大有关系。
校长推荐制的失败让人们对北大传统的辉煌怀念不已，但当多数人在谈论清华大学录取数学只考15分的钱钟书和数学只有零分的吴晗时，却忘了彼时钱钟书在文学圈已经小有名气，而吴晗在去清华之前已经写成《胡应麟年谱》。人们把质疑指向北大和中学校长，却忽视了制度的指向者，今天的高中教育制度下具有钱吴潜质的学生肯定有，但又有几个能有成长为钱吴的空间。所以北大试图回归传统几乎不现实，因为人才选拔绝不是北大的独角戏，北大的选拔依靠的是社会对人才的评价机制，如果这个大机制有问题，又如何能责怪北大选拔人才的诚意呢?国外大学也有中学校长推荐制，但只有极少数优秀人才能得到校长的推荐，多数高中生由自己的老师推荐，而即使有校长的推荐，高校也不一定录取，因为还需要考虑其他各方面的综合成绩，比如社区工作、公益活动的表现。北大目前的困境显然与其不拘一格降人才的最初设想相去甚远，苟如此，校长推荐不如完善学生自荐制和自主招生制度。
由不拘一格的初衷到走上唯分数论的保守路线，北大校长推荐制凸显人才选拔制度的困局，这也是北大传统的时代之困。登高一呼、天下英才尽赴燕园的盛况再难重现，北大传统与时代风气的角力以失败收场，某种程度上甚至沦为一种闹剧，无人喝彩，也无人叫好，留下一地鸡毛。北大丢失的传统绝不只是这一项，快速扩招带来的遗患无穷，光鲜的时髦学科掩盖了潜心著作的学术，商业逻辑和官场规则早已经越过北大南墙，直抵北大学子和北大教授的一亩三分地。而这种尴尬也绝不是北大的专利，大学精神的缺失是一个普遍的时代难题。
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