2001年8月13日，肖传国写了《对方舟子“学术打假”的反思及批评》的学术打假文章。随后多次在网络上发帖，质疑方舟子打假的严谨性，同时向《科学》杂志举报方舟子抄袭该刊文章。调查结果是方舟子完全不存在剽窃论文的行为。
2005年9月，方舟子称肖传国的“肖氏反射弧”理论，是利用国内外信息不对称的“自吹自擂”，并质疑其治疗效果。时任《中国新闻周刊》科技部主任的方玄昌与方舟子开始交往，公开质疑“肖氏手术”疗效。他们的质疑让肖传国最终落选中科院院士补选。其后5年间，双方在北京、武汉打了数场官司，肖传国以侵犯名誉权为名连续五次起诉方舟子。
2010年6月24日晚10时50分许，方玄昌下班回家路上遭袭。
2010年8月29日17时左右，方舟子在北京住所附近遭到两名歹徒伏击。
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