华南农业大学教授王艇团队、福建农林大学教授刘仲健团队和中山大学教授苏应娟团队在国家自然科学基金、广东省基础与应用基础研究基金等项目的资助下，基于统计基因组学分析揭示了麻栗坡兜兰简单重复序列的表达调控关键基序。相关成果近日发表于《先进科学》（Advanced Science）。
简单重复序列（SSR）在原核和真核生物的基因组广泛存在，能驱动物种快速发生遗传变异、基因表达进化和环境适应。位于基因内的SSR更是可被用作调节基因表达和生理代谢过程的“旋钮”，进而引发表型改变。可是，对于这些具基因表达调控功能的SSR（eSSR），它们的基序组成、拷贝数以及在基因中的分布式样对基因表达产生的效应，目前还所知较少。
该研究对麻栗坡兜兰转录组的SSR进行了系统的统计基因组学分析，证实eSSR基序类型与基因表达水平存在关联，鉴定出9个表达调控基序（expMotif）和11个基序-转录区组合；发现基序类型-转录区组合是决定SSR所起表达调控作用的关键因素，并提出了解释eSSR作用机制的模型；同时，对eSSR分布与MYB、F-box和TCP家族旁系同源基因的表达水平的相关性也进行了实验验证，结果表明eSSR重复单位的突变可导致所在基因的表达发生显著改变。
该研究为认识重复序列对兰科植物基因组的适应性进化提供了新见解，所建立起的eSSR高通量统计基因组学分析框架也可用于其他植物的研究。
相关论文信息：https://doi.org/10.1002/advs.202304848
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