被子植物又称有花植物，约有30万种，是种子植物门物种多样化程度最高，分布最广、适应性最强的一个陆生植物亚门。
近年来，被子植物演化研究取得了长足进展，但一些主要分支间的系统发育关系尚不清楚，极大地阻碍了人们对其进化和早期多样化的充分理解。
记者10月31日从中国科学院昆明植物研究所获悉，近期，中外科学家通力协作，构建起了被子植物科级水平最为完整的“生命之树”，为未来被子植物的进化研究提供了坚实的基础。
重建被子植物“生命之树”是一大热点问题
“被子植物是全球陆地生态系统的主要组成部分。早白垩纪被子植物的崛起，重塑了全球陆地植被和生态系统格局，也为昆虫、两栖爬行类、鸟类和哺乳动物的多样化提供了栖息地、食物和能量来源。”中国科学院昆明植物研究所李德铢研究员介绍，自达尔文进化论提出以来，重建被子植物的生命之树一直是植物学研究的一个热点问题。
近30年来，随着分支系统学和分子系统学的兴起，被子植物系统发育研究不断取得进展，从最初根据形态学和解剖学特征将被子植物亚门分为单子叶植物纲和双子叶植物纲的二分法到1998年基于分子系统学研究成果提出的不分纲或亚纲的目级系统。
“数十年来，被子植物家族级及以上的系统发育关系仅部分解决。通常绘制为环状基因组的叶绿体一直是植物系统发育重建最重要的分子数据来源。不分纲或亚纲的目级系统也更新到第四版并得到广泛采纳。”昆明植物研究所副研究员马朋飞介绍，然而，被子植物八个主干分支间的关系一直未得到很好解析，核心被子植物五大分支之间的关系仍不清楚，不少目级、科级水平的系统发育关系亟待解决。
研究覆盖所有公认的被子植物家族代表
李德铢研究员带领的昆明植物研究所研究大团队，多年来致力于被子植物系统发育研究。他们依托国家重大科技基础设施“中国西南野生生物种质资源库”，通过与美国佛罗里达大学、德州植物研究所、西雅图华盛顿大学，英国皇家植物园丘园和爱丁堡皇家植物园，南非约翰内斯堡大学和澳大利亚科廷大学等机构合作，开展了世界范围内被子植物科级水平的全面取样，通过协同攻关，取得了系列研究成果。
继2019年在《自然·植物》发表被子植物的起源与早期演化研究的重要成果后，这个团队又开展了被子植物科级水平最完整取样的系统发育基因组学研究。
“研究以裸子植物8个目12科77属162种为外类群，选取不分纲或亚纲的目级系统第四版承认的被子植物416个科，以及被子植物系统发育网站认同的17个科，覆盖全部433科2024属4660种4792个叶绿体基因组的80个基因，构建了被子植物科级水平最为完整的‘生命之树’。”李德铢说。
在2019年被子植物叶绿体系统发育树的基础上，研究新增了73个科的叶绿体基因组数据，构建了被子植物基于叶绿体系统发育树2.0版，对被子植物科级水平的系统发育关系进行了深度解析，其中75%以上的目间及其以上的关系和78%科级及其以上的关系得到90%或更高的统计支持。
对被子植物的八大主干分支，包括基部的无油樟目、睡莲目和木兰藤目，以及核心被子植物五大分支系统关系的深入研究表明，核心被子植物在分化早期可能发生了快速辐射演化。除了几个发生了辐射分化的目和叶绿体基因可能完全丢失的大花草科，以及异养植物科、蛇菰科、帽蕊草科等4个叶绿体基因严重丢失的科外，大部分目级和科级水平的系统发育关系得到了很好的解析，有望全面更新不分纲或亚纲的目级IV系统。
“新的研究，清楚地阐明了诸多深层的系统发育关系，特别是那些处于和高于家族水平的关系。所提出的可靠的系统发育树，必将有助于未来被子植物的进化研究。”李德铢说。
10月29日，此项研究成果在国际生物学重要期刊《BMC生物学》上在线发表。（昆明植物研究所供图）
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