与此相对应，保护类区域也分为两种类型。一种是具有全国意义的重要生态功能，或者是生态脆弱程度比较强的区域，这些区域不能进行大规模人口集聚和工业化，我们称之为限制开发区域。另一种区域是禁止开发区域。“十一五”规划纲要和国务院发布的文件明确指出，禁止开发区域就是国家依法设立的各类保护区，包括自然保护区、世界文化遗产和自然遗产、地质公园和风景名胜区等等，不允许进行工业化和城市化活动。未来在全国范围内，就是要按照优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发4类主体功能区进行空间的整体部署和有序组织。
当然，任何一个区域，既承担着社会经济发展领域的功能，又承担着资源合理开发、生态保护领域的功能。所以，每个区域的功能是多样的、综合的。在进行空间规划的过程中，科学认识、合理培育、充分发挥各个区域的综合功能，是开展空间规划的重要出发点。由于每个地区发展阶段和国家发展的目标取向不一、要解决的核心问题有所不同，所以，一定时期每个区域的角色、地位和作用、要发挥的功能，相应地有所差异，这同该时期国家所设定的主导目标和要解决的核心问题紧密相关。
有关专家认为，主体功能区的空间分布和我国自然生态系统、现有社会经济发展水平的空间格局相适应。开展主体功能区规划工作，首先要做的一个基础性工作，就是对我国960万平方公里的陆地国土空间，就资源环境承载能力、现有开发强度、未来发展潜力3大类指标进行评价。在评价的基础上，结合国土空间整体开发的战略部署等，选择优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发区域。
贯彻科学发展观的重要举措
樊杰分析说，过去，我国的发展模式存在一个重大偏差，或者说一个一直没有解决好的问题，就是发展观问题。如何看待发展，怎样确定我们所需要的发展前景和目标，一直没有一个科学的答案。所以，长期以来，几乎全国各个地区都把追求GDP的增长作为政府主要任务，作为区域发展的核心目标，在很多区域甚至作为唯一目标。传统意义上的发展，就是经济发展，就是必须要走工业化和城市化的道路。这是人们已经形成的一个固有的、传统的，但实际上具有很大偏差的发展模式和发展思路。
为什么每个地区都要选择这样的发展模式呢？一个基本依据就是每个地区都要解决人们的温饱问题、致富问题。而解决人们的温饱和致富问题，就必须追求GDP的增长。因为只有GDP增长了，地方的财政收入才能得到相应的增长，人们收入水平才有相应的提高，而唯一出路就是走城市化和工业化道路。其实，我国的自然生态、自然地理环境、在全球的战略区位、自身一系列工业化城市化的软环境特征，都使得许多区域不具备走工业化和城市化道路的条件，不具备通过自然资源开发、进行工业产业项目的建设获取经济收益来提高当地政府财政收入和人们生活水平的可能性。
樊杰指出，党中央提出的科学发展观，就是要求一要以人为本，二要尊重自然，走全面、协调、可持续发展的道路。主体功能区规划之所以是一个贯彻了科学发展观思想的规划，主要体现在“以人为本”和“尊重自然”两个重要方面。“以人为本”在主体功能区规划中的体现，主要是改变了过去各个地区都要通过追求GDP、追求经济发展作为脱贫致富，实现现代化唯一途径的发展模式。主体功能区规划提出不同地区有不同的发展模式，各个地区都要发挥自身的优势。在国家发展的大系统里，一些区域可能就是以生态环境保护作为最主要的战略选择；另外一些地区，由于具备较好的社会经济发展条件，因此可以作为优化和重点开发的区域。
通过对国土空间开发整体系统的组织和调整，对那些限制和禁止开发的区域，主要是目前的一些欠发达地区，通过一系列相关的政策和措施，实现当地人民生活水平的提高和生活质量的改善。主要的政策措施有，通过进行生态环境的建设，来获得对全国可持续发展、全国现代化建设的贡献，国家通过财政转移支付的方式来改善当地老百姓的生存和发展条件、提高生活水平，这是一个重要的途径。
第二个途径，就是在这些地区，选择与主体功能建设相适宜的经济发展道路，比如说在限制开发区发展生态经济和绿色农业。限制开发不是限制发展，限制开发只是限制大规模的工业化和城市化活动，适宜的发展是允许的。在产业政策上，还要优先支持和重点扶持限制开发区域适宜的发展活动，鼓励和支持这类区域走具有特色的生态保护型的、环境友好型的经济发展道路，促进这类区域合理的资源开发利用行为和社会经济发展活动。
第三个途径，就是强调人口要进行适当的转移，使得在全国范围内人口在空间上实现合理的配置。对那些不适宜人类大规模集聚的区域，通过人口不断的迁出，减少当地人口压力，缓解当地资源环境紧缺状况以及生态脆弱性问题，使得国家整个社会经济系统达到一个基本均衡。我们过去强调区域均衡，强调人均GDP水平东西部地区应该大体相等是不对的。按照过去的发展思路，各个地区都要进行经济开发，特别是欠发达地区，把人均GDP的分子做大，从而提高人均GDP的水平，就成为一种普遍选择。为了做大GDP，每个地区都要招商引资，都要进行资源开发和走工业化的道路。其实，要实现人均GDP区域均衡，还有另一个途径，即缩小欠发达地区的分母。在西方，越是发达的国家，区域之间的经济发展水平差距越小，其中主要的原因之一就是人口在空间上进行了合理的流动。
通过以上的3个主要途径，即国家进行财政转移支付、通过产业政策等鼓励和扶持特色经济和生态友好型经济的发展、通过人口的合理转移，使得欠发达地区的老百姓或者说未来限制开发区和禁止开发区的老百姓，和生活在优化开发区、重点开发区的老百姓享受的基本公共服务水平，甚至生活水平达到大体的均衡。只有这样的方式，才有可能使欠发达地区的老百姓真正享受到发展的实惠。
樊杰认为，主体功能区规划落实科学发展观的另一个体现就是“尊重自然”。我们认为，自然生态系统、资源环境系统是影响区域发展格局的重要因素，是长效因素。只有“人地和谐”了，整个地球表层的社会经济系统的分布格局才能达到相对稳定的状态。这次主体功能区规划把资源环境对于空间开发和布局的约束作为一个关键因素给予考虑，在进行国土空间主体功能的评价及其主体功能区划分时，选择了10项指标，其中有6项都是资源环境类的指标，包括两项资源类的指标——即可利用水资源和可利用土地资源的情况，包括两个生态类的指标——生态脆弱性指标和生态重要性指标，还有环境容量和自然灾害两个指标。这些指标可以科学地界定不适宜人类进行大规模生产活动和生活活动的区域，这样，就可以尽量从规划层面就明确予以限制开发、重点保护的区域，通过配套政策措施的实施，实现这些区域未来的生态功能，使环境保护和改善、生态系统的建设和修复得到真正意义上的持续。
据樊杰介绍，根据国务院要求，主体功能区规划的编制工作要在今年9月底完成国家级的规划初稿，明年底完成省级规划初稿。据了解，这项工作的前期研究在编制“十一五”规划之前就开始了。在“十一五”规划纲要里，也明确提出要编制我国的主体功能区规划，按照分类管理的区域政策，推进规划的实施。“十一五”规划编制得到全国人大会议审批之后，国家发改委就开始组织研究和编制国家级的主体功能区规划，选了全国8个先行的省区作为试点，进行科学研究层面上的探讨和匹配政策方面的研究。就目前的阶段来说，应该说区划方案还在紧张的编制过程中。
